Zakład Anatomii Patologicznej usytuowany jest w osobnym budynku kompleksu szpitalnego. W strukturze zakładu znajduje się prosektorium, pracownia histocytopatologiczna oraz pracownia badań dodatkowych. Zakład dysponuje nowoczesnym sprzętem obowiązującym w badaniach histopatologicznych.

Pracownia histocytopatologiczna wykonuje cały zakres badań cytologicznych i histopatologicznych według współcześnie obowiązujących zasad oraz badania śródoperacyjne.

Specjalność wybiórcza zakładu to diagnostyka chorób układu oddechowego, tarczycy, nerek, przewodu pokarmowego, a także badania cytologiczne.

W zakładzie zatrudnieni są: prof. dr hab. n. med. specjalista patomorfolog, dr n. med. specjalista  patomorfolog, oraz wysoko wykwalifikowana kadra techników analityki medycznej i pielęgniarka.